Skladno s 23. členom Poslovnika o delu Rektorska konferenca RS lahko imenuje komisije ali druga delovna telesa za proučitev določenih vprašanj ali pripravo predlogov za odločanje o posameznih zadevah. 

Imenovane delovne skupine in status delovanja: 

Delovna skupina za spreminjanja sistema vrednotenja znanstvenega publiciranja in komuniciranja
Ustanovitev: Januar 2019 (posodobljeno na 2. seji RKRS 15. 4. 2022)
Status: Aktiven 
Člani: 

• Prof. dr. Janja Hojnik, prorektorica za kakovost, kadre in pravne zadeve, Univerza v Mariboru
• Prof. dr. Anton Ramšak, prorektor za raziskovanje in razvoj, Univerza v Ljubljani
• Mojca Kotar, pomočnik glavnega tajnika, Univerza v Ljubljani
• Izr. prof. dr. Gregor Poberžin, Univerza na Primorskem
• Prof. dr. Matjaž Valant, prorektor za trajnostni razvoj in tehnologije, Univerza v Novi Gorici

Delovna skupina za pripravo sprememb zakonodaje o strokovnih in znanstvenih naslovih
Ustanovitev: Januar 2019 (posodobljeno na 2. seji RKRS 15. 4. 2022)
Status: Aktiven 
Člani: 

• Prof. dr. Mladen Franko, prorektor za izobraževanje, Univerza v Novi Gorici, predsednik
• Prof. dr. Ksenija Vidmar Horvat, prorektorica za študijske in študentske zadeve, Univerza v Ljubljani
• prof. dr. Janja Hojnik, prorektorica za kakovost, kadre in pravne zadeve, Univerza v Mariboru 
• Prof. dr. Štefko Miklavič, prorektor za znanstveno-raziskovalno in razvojno delo, Univerza na Primorskem

Delovna skupina za pripravo predloga zakona o univerzi
Ustanovitev: Januar 2018 (posodobljeno na 2. seji RKRS 15. 4. 2022)
Status: Aktiven 
Člani:

• Prof. dr. Gregor Majdič, rektor, Univerza v Ljubljani
• Prof. dr. Mirko Pečarič, Univerza v Ljubljani, Fakulteta za upravo
• Prof. dr. Dragan Marušič, pomočnik rektorice, Univerza na Primorskem
• Prof. dr. Klavdija Kutnar, rektorica, Univerza na Primorskem
• Prof. dr. Boštjan Golob, rektor, Univerza v Novi Gorici
• g. Borut Lavrič, univ.dipl.prav., Univerza v Novi Gorici
• Prof. dr. Zdravko Kačič, rektor, Univerza v Mariboru
• doc. dr. Mojca Tancer Verboten, glavni tajnik, Univerza v Mariboru

Delovna skupina za rabo jezikov v visokem šolstvu
Ustanovitev: April 2018 (posodobljeno na 2. seji RKRS 15. 4. 2022)
Status: Aktiven 
Člani: 

• Prof. dr. Simona Kranjc, predsednica, Univerza v Ljubljani, Filozofska fakulteta
• Prof. dr. Matjaž Drevenšek, prorektor za umetnost, Univerza v Ljubljani 
• Prof. Tomaž Gubenšek, dekan, Univerza v Ljubljani, Akademija za gledališče, radio, film in televizijo
• prof. dr. Mihaela Koletnik, Univerza v Mariboru, Filozofska fakulteta
• Prof. dr. Nada Šabec, Univerza v Mariboru, Filozofska fakulteta
• Prof. dr. Katja Mihurko Poniž, Univerza v Novi Gorici, Fakulteta za humanistiko
• Prof.dr. Matjaž Valant, prorektor za trajnostni razvoj in tehnologije, Univerza v Novi Gorici
• Prof. dr. Iztok Arčon, dekan, Univerza v Novi Gorici, Fakulteta za podiplomski študij
• Prof.dr. Peter Purg, Univerza v Novi Gorici, Akademija umetnosti
• Prof. dr. Nives Zudič Antonič, Univerza na Primorskem, Fakulteta za humanistične študije
• Prof. dr. Krištof Jacek Kozak, Univerza na Primorskem, Fakulteta za humanistične študije

Delovna skupina za področje zdravstvenih ved
Ustanovitev: September 2013 (posodobljeno na 7. seji RKRS 14. 4. 2023)
Status: Aktiven
Člani: 

• Izr. dr. Blaž Ivanc, predsednik, Univerza v Ljubljani, Zdravstvena fakulteta
• Izr. dr. Andrej Starc, dekan, namestnik predsednika, Univerza v Ljubljani, Zdravstvena fakulteta
• Prof. dr. Anton Ramšak, prorektor za raziskovanje in razvoj, Univerza v Ljubljani
• Prof. dr. Igor Švab, dekan, Univerza v Ljubljani, Medicinska fakulteta
• Prof. dr. Irena Mlinarič Raščan, dekanja, Univerza v Ljubljani, Fakulteta za farmacijo
• G. Miha Kosec, predsednik Študentskega sveta Univerze v Ljubljani, Univerza v Ljubljani
• Prof. Dr. (Združeno kraljestvo Velike Britanije in Severne Irske) Majda Pajnkihar, viš. med. ses. Univerza v Mariboru, Fakulteta za zdravstvene vede
• Prof. dr. Ivan Krajnc, Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta
• Prof. dr. Mihaela Koletnik, prorektorica za študijsko dejavnost, Univerza v Mariboru
• Prof. dr. Nejc Šarabon, dekan, Univerza na Primorskem, Fakulteta za vede o zdravju
• Helena Skočir, pred., Univerza na Primorskem, Fakulteta za vede o zdravju
• Doroteja Rebec, viš. pred., Univerza na Primorskem, Fakulteta za vede o zdravju
• Prof. dr. Darjo Felda, Univerza na Primorskem, Pedagoška fakulteta
• Renata Kop, Univerza v Novi Gorici
• Izr. prof. dr. Mateja Lorber, Univerza v Mariboru, Fakulteta za zdravstvene vede
• viš. pred. Klavdija Čuček Trifkovič, Univerza v Mariboru, Fakulteta za zdravstvene vede

Komisija za razvoj kulture kakovosti slovenskih univerz
Ustanovitev: Februar 2013 (posodobljeno na 2. seji RKRS 15. 4. 2022)
Status: Aktiven
Člani:

• Prof. dr. Boštjan Markoli, prorektor za internacionalizacijo in kakovost, predsednik, Univerza v Ljubljani
  
• Prof. dr. Tomaž Deželan, Univerza v Ljubljani
• Prof. dr. Mihaela Koletnik, prorektorica za študijsko dejavnost, Univerza v Mariboru
• Prof. dr. Janja Hojnik, prorektorica za kakovost, kadre in pravne zadeve, Univerza v Mariboru
• G. Robert Preskar, Univerza v Mariboru
• Prof. dr. Darjo Felda, Univerza na Primorskem, Pedagoška fakulteta
• Mag. Frenk Mavrič, Univerza na Primorskem
• Prof. dr. Iztok Arčon, Univerza v Novi Gorici

Delovna skupina za vprašanja športnikov študentov in univerzitetnega športa
Ustanovitev: Junij 2012 (posodobljeno na 2. seji RKRS 15. 4. 2022)

Status: Aktiven
Člani:

• asist. dr. Marina Dobnik, Univerza na Primorskem Fakulteta za vede o zdravju
• Ga. Iva Stritar, Center za osebni in profesionalni razvoj študentov, obštudijska dejavnost, Univerza v Ljubljani
• Mag. Miha Pauko, vodja Univerzitetnega športnega centra Leona Štuklja, Univerza v Mariboru
• Prof. dr. Mladen Franko, prorektor za izobraževanje, Univerza v Novi Gorici

Skupina za informacijske in komunikacijske tehnologije 
Ustanovitev: Junij 2012 (posodobljeno na 2. seji RKRS 15. 4. 2022)
Status: Aktiven
Člani:

• mag. Aleš Košir, pomočnik glavnega tajnika, Univerza v Ljubljani
• Dr. Izidor Golob, Univerza v Mariboru
• Prof. dr. Marko Bajec, Univerza v Ljubljani, Fakulteta za računalništvo in informatiko
• Prof. dr. Andrej Kos, Univerza v Ljubljani
• Ga. Nina Kotnik, v. d. prorektorica za študentska vprašanja, Univerza v Mariboru
• Izr. prof. dr. Viktorija Florjančič, Univerza na Primorskem
• Izr. prof. Jernej Vičič, Univerza na Primorskem, Fakulteta za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije
• Dr. Samo Stanič, Univerza v Novi Gorici
• Prof. dr. Andrej Filipčič, Univerza v Novi Gorici

Univerzitetni umetniški observatorij
Ustanovitev: September 2011 (posodobljeno na 2. seji RKRS 15. 4. 2022
Status: Aktiven
Člani: 

• Prof. Matjaž Drevenšek, prorektor za umetnost, Univerza v Ljubljani (predsednik od 12. 5. 2022)
• Prof. spec. Oto Rimele, akad. slik., Univerza v Mariboru (predsednik do 12. 5. 20229
• Prof. dr. Matej Blenkuš, dekan, Univerza v Ljubljani, Fakulteta za arhitekturo
• Prof. Marko Vatovec, dekan, Univerza v Ljubljani, Akademija za glasbo
• Prof. Alen Ožbolt, dekan, Univerza v Ljubljani, Akademija za likovno umetnost in oblikovanje
• Prof. Tomaž Gubenšek, dekan, Univerza v Ljubljani, Akademija za gledališče, radio, film in televizijo
• Izr. prof. dr. Tilen Žbona, Univerza na Primorskem
• Prof. dr. Boštjan Potokar, dekan, Univerza v Novi Gorici, Akademija za umetnosti
• Prof. Rene Rusjan, Univerza v Novi Gorici, Akademija za umetnosti

Delovna skupina za plačni sistem RKRS

Ustanovitev: 21. 1. 2022 (1. seja RKRS)

• Prof. dr. Marko Pahor (predsednik), Univerza v Ljubljani (predsednik kadrovske komisije UL)
• Mihaela Bauman Podojsteršek, glavni tajnik, Univerza v Ljubljani
• prof. dr. Janja Hojnik, prorektorica za kakovost, kadre in pravne zadeve, Univerza v Mariboru 
• doc. dr. Mojca Tancer Verboten, glavni tajnik, Univerza v Mariboru
• Prof. dr. Dragan Marušič, pomočnik rektorice, Univerza na Primorskem
• Mateja Hribar Weber, vodja pravne in kadrovske službe, Univerza na Primorskem
• Prof. dr. Matjaž Valant, prorektor za trajnostni razvoj in tehnologije, Univerza v Novi Gorici
• Tea Stibilj Nemec, vodja kadrovske službe, Univerza v Novi Gorici